中医强调“治病求本”，对于甲状腺疾病的治疗不仅仅关注于治疗甲状腺本身，同时尤其注重纠正人体内环境的紊乱，从而达到彻底治愈疾病的目的。
东直门医院甲状腺病科将中西医结合治疗甲状腺疾病作为工作重心和发展方向，在国内创新提出了“靥本相应”中医理论，深刻揭示了甲状腺疾病发生、发展的内在规律;提出了甲状腺中医治疗的“窗口期”概念，为甲状腺疾病的中医干预提供了理论依据;针对当前甲状腺诊治领域“部分患者西药治疗效果不佳”和“部分甲状腺患者术后复发”两大科学难点，制定了创新有效的中医治疗方案;总结了甲状腺疾病治疗的四大治则，并形成了一系列卓有成效的中药验方。
东直门医院甲状腺病科专家团队研制的甲状腺外治法，主要是指通过中药局部外敷的手段来治疗甲状腺各类疾病，专方专用，力宏而专，同时配合甲状腺疾病的内治法，内外合治，标本兼顾，形成一套完整的甲状腺疾病的综合治疗方案。对结节性甲状腺肿、甲状腺功能减退、甲状腺功能亢进、桥本氏甲状腺炎、亚急性甲状腺炎、甲状腺癌、不明原因的甲状腺肿物等主要甲状腺疾病具有显著的疗效。
(一)针对甲状腺结节，采用中药内服加外敷治疗，有利于控制甲状腺结节增长，避免进入严重阶段(如手术、恶变等)。
(二)针对甲状腺功能减退(甲减)，配合中药治疗后，大多数患者甲状腺功能逐步恢复，最终实现停用西药(优甲乐或雷替斯)。
(三)针对甲状腺功能亢进(甲亢)，在进行西药治疗的同时，使用中药纠正人体内环境紊乱，可以有效遏制病情发展，最终实现停用西药(赛治等)，恢复健康的目的。
(四)针对甲状腺自身抗体升高(如桥本氏病)，目前西医没有有效的治疗手段。此类疾病本质上属于自身免疫功能紊乱，患者往往存在诸多内环境紊乱的表现，经过中医药辨证施治，大部分患者全身情况明显好转，抗体下降或恢复正常。
(五)针对亚急性甲状腺炎，及时使用中药可以迅速控制甲状腺疼痛、肿胀、发热等症状，减轻炎症对甲状腺组织的破坏，有效控制病情，可减少或避免激素的使用。
(六)针对甲状腺癌，患者术后抑制复发或存在手术禁忌症无法手术治疗时，使用专方中药治疗，可以有效改善患者的身体状态。