中药房随东直门医院建立已有四十多年的历史，药材种类齐全达八百多种，保证了医生的处方用药。
    药剂科共设门诊药房、病房中、西药房、中、西药库、制剂室、临床药学室等部门,各部门均实现网络化管理与运行,大大提高了工作效率、减少人为差错率。
    中西药品种共计800余种,其中用于治疗、预防肝病、爱滋病、其他感染性疾病的药品品种多,规格全,我院自行开发研制的软肝颗粒、龙胆降脂颗粒、退黄合剂、舒肝合剂、养肝育阴合剂等院内制剂因疗效确切而广泛应用于临床,受到患者的欢迎,申报国家级新药的工作也在同步进行。
    作为三级甲等医院,我院有完善的药事管理制度,药事管理委员会根据《药品管理法》的相关要求对药品的采购、储存、发放、使用进行全程监督与管理,杜绝假冒伪劣药品进入医院,保证临床用药的安全、合理、有效,健全的新药引进制度使我院的专科用药与国际水平同步发展,为临床新技术、新疗法的使用保驾护航。
    药剂科各部门规章制度完备,药房窗口严格执行“三查七对”制度,保证发放药品的准确。
药品调剂的一般程序如下:
医师处方----处方审查----合格处方划价,不合格处方退回由医师修改 ----
收费处付款----药房处方调配----核对----发药并交代用法用量 
患者用药须知:
1、2002年12月1日起,所有药品包装上均应标注药品的使用期限,未标注使用期限请勿接受。
2、某些药品有特殊的储存条件,如:避光保存、冷藏保存等,药师会在发药时向您交代,请遵照执行。
3、药品服用方法药师会在发药时向您交代,如:一日三次,一次一片,饭前或饭后服用,中西药一般不同时服用,应相隔半小时等。
4、某些特殊药品有其特殊的给药途径,如:舌下含服,皮肤局部给药、肛门给药等,药师会在发药时向您交代，请遵照执行。
5、药品取回家后,如家庭成员中有小儿,应把药品存放于小儿不宜拿到处。
6、某些药品为避免受潮,会在药品容器内放置小袋干燥剂,药师会在发药时向您交代,注意避免误服。
7、请不要将您的药物因为“症状相似”就应用于其他人。
8、医生给您的处方的任何一种药物的用法用量及服用时间,请不要随便改变,除非发生不良反应,这也应及时告之医生。
9、医生开的处方有效期限为三天,因特殊原因您不能当天取药,请于三天内到医院取药,否则根据规定,您的处方将失效,只能重新挂号开药。
10、为避免不必要的麻烦,请您在接到药房窗,发出的药品后,当面清点药品的品名与数量,有外包装的请打开清点,保证准确无误后再行拿走。
11、根据卫生部2002年1月21日颁发的《医疗机构药事管理暂行规定》第二十七条规定,为保证患者用药安全,药品一经发出,不得退换。