北京中医药大学东直门医院男科是集医、教、研于一体的临床科室，是教育部“211工程”建设科室，北京市重点学科。科室创建于上世纪80年代，经过二十多年的努力，充分发扬传统医学的特色优势，迄今已发展成为国内一流的、在国内外具有一定知名度的专业科室。是教育部硕士、博士授予点，博士后流动站，是中国性学会中医性学专业委员会、中华中医药学会外科分会、北京中医药学会男科专业委员会挂靠科室，是上述学术团体主任委员和秘书长科室，是《中医外科学》、《实用中西医结合泌尿男科学》、《中医男科学》主编科室，是慢性前列腺炎等疾病国家中药新药临床研究标准的制定科室。

自1985年起李曰庆教授即开始在东直门医院开展男性疾病的诊疗工作，并于1997年开始招收第一位男科学博士李海松。后特聘张耀圣教授、厉将斌教授来科室固定进行医疗教研工作。2012年科室成为为国家中医药管理局重点学科。国际部保证了男科疾病患者的医疗保健需求，中医特色突出，擅长诊治各种男科疾病。